Управлението на Eпархията се осъществява от Негово Високопреосвещенство Варненския и Великопреславски митрополит Йоан. Като апостолски приемник той има духовна, църковна и административна власт в Eпархията, както и цялата пълнота на йерархическата власт в делата на вярата и нравствеността, свещенодействието и пастирската грижа.

 Епархийският съвет съдейства на епархийския митрополит в осъществяване на архиерейската му изпълнителна власт. Членовете на Епархийския съвет се избират за период от четири години.

Териториално устройство на Варненска и Великопреславска eпархия

 Варненска и Великопреславска епархия се състои от пет духовни околии:

1. Варненска духовна околия с център град Варна,
2. Шуменска духовна околия с център град Шумен,
3. Провадийска духовна околия с център град Провадия,
4. Добричка духовна околия с център град Добрич,
5. Търговищка духовна околия с център град Търговище;

 Всяка духовна околия, с изключение на Варненска, има архиерейско наместничество. То се ръководи от назначен от митрополита архиерейски наместник, който има определени правомощия в съответната духовна околия. Варненска и Великопреславска епархия има пет духовни околии: Варненска, Добричка, Шуменска, Търговищка и Провадийска.

Архиерейски наместничества

 - Добричка духовна околия - гр. Добрич ул.“Иван Хадживълков“ №11

 - Шуменска духовна околия - гр. Шумен, ул. „Отец Паисий“ №48

 - Провадийска духовна околия - гр. Провадия храм „Благовещение“, ул.“Цар Освободител“ №61

 - Търговищка духовна околия -  гр.Търговище храм „Св. Иван Рилски“, Кооперативен пазар, ул. "Цар Симеон" №1